台灣渡輪船主要著重在台灣本島與台灣離島之間的接駁服務，例如：綠島、蘭嶼、小琉球嶼、澎湖以及馬祖群島。
其他提供如跨河連接河岸兩邊的交通運輸，例如：淡水老街到八里左岸，以及群島諸島之間的交通接駁，例如：澎湖群島以及馬祖群島。
部分熱門景點提供遊憩性質的渡輪船接駁，例如：日月潭和基隆。
至於旗津島與高雄來回的固定船班可至西子灣站搭乘。
另外名為小三通的特殊渡輪路線，由金門開往中國廈門與福州。旅客須注意搭乘此船班並非像其他國內船班，進出港口須比照出入海關驗證程序，關口會執行旅客的護照以及簽證查驗動作，請旅客再次確認證件資料是否準備齊全。